Studenten Annika börjar fundera över sin högstadietid och upptäcker att hon inte minns så mycket mer än att hon blev mobbad och mådde dåligt. Mycket dåligt. Den obehagliga känslan av att förtränga något hemskt tränger sig på och lägger sig som en sordin över livet. Hennes morfar blir sjuk och Annika märker att han har mycket att berätta som hon inte kände till. De två visar sig ha mycket mer gemensamt än hon någonsin kunnat ana. Livet hittar nya vägar som tvingar Annika att ta tag i det förflutna. Det får henne att ifrågasätta både minnen och relationer hon sett som trygga.
Ögonen är en existentiell berättelse om mod att våga minnas det mörka. Att med öppet sinne ta hjälp av det oväntade som kommer i ens väg.